拟鳄龟有4个亚种，分别为：北美、中美、南美、佛洲　

　　其中北美亚种是市场上最普遍的，又称为模式亚种，也就是我们一般说的小鳄。雄性体形较大，长尾，长度是腹甲长度的86%，且泄殖孔位于背甲边缘之外；雌性反之，短尾，长度小于腹甲长度的86%，且泄殖孔位于背甲边缘之内。幼体背甲粗糙，成体后会变得光滑。颈部突起较钝。

　　中美和南美两种都相当罕见，就算在野生环境中种群数量也是不多的。

　　中美洲亚种：分布于墨西哥至中美洪都拉斯地区，头部较宽，头背部较平。下颌有2对须状突起。颈部突起尖锐。背甲近乎长方形。第三椎盾最大，占背甲长的25%。腹甲前段占背甲长的40%以上。是4个亚种中最稀少的。

　　南美洲亚种：分布于巴拿马至哥伦比亚地区，下颌有3对须状突起，前1对大，后2对细小。颈部突起较钝。尾部3列突起明显。侧腹、四肢突起非常多。

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